Molecular tests for detection of PIK3CA mutations in men and postmenopausal women with HR+/HER2–, locally advanced or metastatic breast cancer: A Health Technology Assessment.

Abstract

Key message The Norwegian Institute of Public Health was commissioned to evaluate molecular tests for the identification of somatic PIK3CA mutations in men and postmenopausal women with HR+/HER2–, advanced or metastatic breast cancer (BC). Tumours harbouring PIK3CA mutations constitute up to 36% of cases with HR+/HER2- BC, which suggests that around 48 patients may be considered for treatment with PI3k inhibitors (e.g. alpelisib) in Norway each year. Accurate and reliable detection of PIK3CA mutations is important for correctly identifying patients who may benefit from targeted treatment. We included three original studies that reported concordance between (i) two PCR assays; (ii) two NGS-panels, and (iii) ddPCR and NGS for the detection of PIK3CA mutations. Experts were contacted for cost information. The results of this HTA show that: • Un-pooled results (3 studies) provided inadequate evidence for test accuracy according to the EGAPP quality tool, and quality of reporting was poor. • Single studies, with relatively small sample sizes, reported very good con-cordance between tests, which all used plasma samples(Cohen’s k: 0.80 to 0.86) • For the detection of PIK3CA in isolation, the costs for testing using PCR is less than NGS-panel testing. However, using PCR assays for the detection of additional relevant mutations, will increase total cost. At present, the capital and infrastructure as well as maintenance costs are higher for NGS than PCR. • Assuming that about 140 patients with metastatic BC are eligible for testing to detect of PIK3CA mutations in Norway each year, the costs were estimated to be approximately NOK 322,000. • All tests have advantages and limitations, but due to incomplete information a proper comparison was difficult to make. The choice of a suitable test for the detection of PIK3CA mutations depends on accessibility of testing modalities, economic considerations, sample type and risk of false negatives, and turnaround time. • Future research should focus on conducting larger cohort studies with well-defined patient populations, that follows the patients from testing (or no testing), through treatment and final outcomes. Further, robust and replicable methods, as well as a reporting standard checklist, should be used for increased clarity.

Hovedfunn (norsk) Folkehelseinstituttet har på oppdrag fra Bestillerforum for nye metoder evaluert molekylære tester for identifisering av somatiske PIK3CA mutasjoner hos menn og postmenopausale kvinner med HR+/ HER2–, lokalavansert eller metastasert brystkreft (BC). Svulster som har PIK3CA mutasjoner utgjør opp til 36% av ER+/HER2-BC-tilfellene, noe som tilsvarer rundt 48 pasienter per år i Norge som kan kvalifisere for behandling med Pi3k hemmer (f.eks. alpelisib). Tester som korrekt identifiserer hvilke pasienter som kan ha nytte av målrettet medikamentell behandling er viktige for adekvate behandlingsbeslutninger. Vi inkluderte tre enkeltstudier som rapporterte konkordans mellom (i) to PCRassays; (ii) to NGS-paneler, og (iii) ddPCR og NGS for deteksjon av PIK3CAmutasjoner. Eksperter ble kontaktet for informasjon om ressursbruk. Resultatene av metodevurderingen viser at: • Ikke-sammenslåtte resultater (3 studier) ga utilstrekkelig bevis for testnøyaktighet i henhold til EGAPP-verktøyet, og kvaliteten på rapporteringen var dårlig. • Enkeltstudier med relativt små prøvestørrelser, som alle brukte plasmaprøver, rapporterte meget god samsvar mellom de ulike testene (Cohens k: 0,80 til 0,86). • For deteksjon av PIK3CA isolert sett er kostnadene for PCR mindre enn NGS. Imidlertid vil bruk av PCR for deteksjon av tillegg relevante mutasjoner øke totalkostnaden sammenlignet med NGS. For tiden er kapital og infrastruktur samt vedlikeholdskostnader høyere for NGS enn PCR. • Gitt ca. 140 pasienter med metastatisk BC er kvalifisert for PIK3CAmutasjonstesting i Norge årlig, ble kostnadene ca. NOK 322 000. • Alle tester har fordeler og begrensninger, men p.g.a ufullstendig informasjon var en skikkelig sammenligning ikke mulig. Valget av en egnet test for deteksjon av PIK3CA-mutasjoner avhenger av tilgjengeligheten av test-metoder, økonomiske hensyn, prøvetype og risiko for falske negativer, og tidsbruk. • Fremtidig forskning bør fokusere på å gjennomføre større kohortstudier med veldefinerte pasientpopulasjoner, som følger pasientene fra testing (eller ingen testing), gjennom behandling og sluttresultater. Robuste og replikerbare metoder, samt en standard sjekkliste for rapportering, bør brukes for økt klarhet.