Saliva sample for testing SARS-CoV-2 infection, 1st update on diagnostic accuracy

Abstract

Key messages The aim of this review was to investigate the diagnostic accuracy of reverse transcription real time polymerase chain reaction (rRT-PCR) for detection of SARS-CoV2 in saliva specimens compared to upper airway samples. We performed a systematic literature search focusing on COVID-19 and saliva. The search provided 501 titles and abstracts, from which we inspected 70 records in full text and included 23 studies. From the included studies, we extracted data from 27 sets of comparative analysis of in total 7065 paired samples to calculate sensitivity1 and specificity2. • In five studies with a total of 4299 paired samples from screening a mainly asymptomatic population, we found that sensitivity in the analysis ranged from 61% to 100 % (GRADE certainty of the evidence3 moderate, ⨁⨁⨁◯). The specificity, ranged from 95% to 100% (GRADE certainty of the evidence high, ⨁⨁⨁⨁). • In 11 studies with a total of 1612 paired samples from screening mainly symptomatic persons, we found variable, but predominantly good concordance between saliva samples and upper airway samples. Due to risk of bias we have low confidence in estimates based on these studies (GRADE certainty of evidence low ⨁⨁◯◯). • In 9 studies with a total of 1154 paired samples from re-testing patients with known Covid-19 status, we likewise found variable, but predominantly good concordance. Due to high risk of bias, we have very low confidence in estimates based on these studies(GRADE certainty of evidence very low ⨁◯◯◯). The results indicate that the diagnostic accuracy of rRT-PCR on saliva samples, compared to upper airway samples, probably is somewhat lower regarding sensitivity, but high regarding specificity. Variations between the analysis may be related to publication bias (more positive results published), risk of bias in the included studies, technical and clinical factors. The studies do not allow conclusions to be made about what factor may have the largest impact on the results.

Hovedbudskap Hensikten med denne oversikten var å undersøke diagnostisk nøyaktighet av revers transkriptase sanntid polymerasekjedereaksjon (rRT-PCR) for påvisning av SARS-CoV-2 i spyttprøver sammenlignet med øvre luftveisprøver. Vi utførte et systematisk litteratursøk med fokus på covid-19 og spytt. Søket ga 501 titler og sammendrag. Etter gjennomgang av disse, inspiserte vi 70 referanser i fulltekst og inkluderte 23 studier. Fra studiene ekstraherte vi data fra 27 sammenliknende analyser av totalt 7065 parede prøver og beregnet sensitivitet[1] og spesifisitet[2]. I fem studier, med totalt 4299 parede prøver fra screening av en hovedsakelig asymptomatisk populasjon, varierte sensitiviteten mellom analysene fra 61 % til 100 % (GRADE tillit til resultatet[3] moderat ⨁⨁⨁◯). Spesifisiteten varierte fra 95 % til 100 % (GRADE tillit til resultatet høy ⨁⨁⨁⨁). I 11 studier, med totalt 1612 parede prøver fra screening av hovedsakelig symptomatiske personer, fant vi noe variasjon, men overveiende godt samsvar mellom spyttprøver og øvre luftveisprøver. På grunn av risiko for skjevhet, har vi lav tillit til estimater basert på disse studiene (GRADE tillit til resultatet lav ⨁⨁◯◯). I 9 studier, med totalt 1154 parede prøver fra re-testing av pasienter med kjent Covid-19-status, fant vi også noe variasjon, men overveiende godt samsvar. På grunn av høy risiko for skjevhet, har vi svært lav tillit til estimater basert på disse studiene (GRADE tillit til resultatet svært lav ⨁◯◯◯). Resultatene indikerer at den diagnostiske nøyaktigheten av rRT-PCR på spyttprøver, sammenlignet med øvre luftveisprøver, sannsynligvis er noe lavere med hensyn til sensitivitet, men høy med hensyn til spesifisitet. Den observerte variasjonen mellom analysene kan være relatert til både publikasjonsskjevhet (mer positive resultater publisert), risiko for skjevhet i inkluderte studier, tekniske og kliniske faktorer. De inkluderte studiene tillater ikke konklusjoner om hvilken faktor som kan ha størst innvirkning på resultatene.